Lungegårdshospitalet var det første av en gruppe nye institusjoner som ble bygget for at Norge skulle få kontroll over utbredelsen av lepra , og det var den første statlige institusjonen for leprasyke. Hospitalet skulle være både en kuranstalt og en forskningsinstitusjon. En komité nedsatt av Stortinget i 1837 for å utrede situasjonen for lepra i Norge, foreslo å bygge kuranstalter og pleiestiftelser i Bergen, Molde, Bodø og Tromsø. Siden dette ble for dyrt, foreslo komiteen en gradvis utbygging, og i tidlig på 1840-tallet ble det derfor vedtatt å bygge en kuranstalt i Bergen, Lungegårdshospitalet. Noen år senere ble også den første av de planlagte pleiestiftelsene bygget, Pleiestiftelsen No. 1 i Bergen. Pleiestiftelsene skulle være for de som var for syke til å kunne helbredes.

Det kan synes merkelig at man etablerte et sykehus for behandling av leprapasienter, når vi i dag vet at det ikke fantes behandling for sykdommen før langt senere. Men på denne tiden var det flere leger, både i Norge og internasjonalt, som mente at pasientene kunne bli friske om de bare fikk behandling tidlig nok. Man prøvde ut en rekke  behandlingsformer, og legene hadde god kontakt med og utvekslet erfaringer med kolleger i andre land. 

Kuranstalten hadde opprinnelig plass til 60 personer med lepra og 20 med andre hudsykdommer, mest syfilis. Litt etter litt gikk det over til en kuravdeling og en pleieavdeling. Gradvis gikk også antallet andre syke ned, både fordi de helst ikke ville være innlagt sammen med de leprasyke, og fordi mange av pasientene med lepra heller ikke hadde lyst til å være sammen med syfilispasienter.

Den første overlegen på hospitalet var Daniel Cornelius Danielssen, som da var lege på St. Jørgens hospital. Han skulle bli en av de ledende forskerne på lepra, både i Norge og internasjonalt.